巴哈拉之战中，莱恩斯特的乔安王子和妻子艾丝琳带领骑士团不远千里北上伊多沙漠支援好友辛格尔徳（《圣战之系谱》前半部主角），遭到多拉基亚的龙骑士团的突袭，骑士团全军覆没，乔安夫妇双双战死，年幼的公主阿鲁迪娜也被多拉基亚军队掠走。为了给儿子报仇莱恩斯特国王同多拉基亚开战，结果因为盟国克若特的背叛而失败，莱恩斯特国王战死。多拉基亚大军对莱恩斯特城展开总攻，守军浴血奋战，终因实力悬殊而惨败。这时奉命留守莱恩斯特的菲恩带着年幼的王子利夫和女儿南娜逃离了王城，逃亡路上辗转阿尔斯塔、塔拉等地，最后逃到了多拉基亚半岛东海岸的一个小村庄躲藏起来。期间古兰贝尔帝国武力介入多拉基亚半岛，击败了多拉基亚军队，占据了整个北多拉基亚半岛。利夫在这个小村庄集结起义军，开始了反抗古兰贝尔帝国统治并解放祖国以及整个北多拉基亚的战斗。

武器系统

武器种类

游戏的武器分为剑、枪、斧、弓、杖、炎、雷、风、光、暗十种。不同职业可以使用的武器各不相同，不同的类型武器属性各有特点。

武器相性

剑、枪、斧三种武器，炎、雷、风三种魔法之间存在着三相循环相克的关系。具体表现为剑克斧、斧克枪、枪克剑、炎克风、风克雷、雷克炎，但是光魔法和暗魔法能克制炎、雷、风三种魔法。当我方武器克制对方武器时，我方的命中率会上升，对方的命中率相应下降。（例如我方用剑攻击装备斧的敌人，我方命中率上升，敌方命中率相应下降）但是和前作《圣战之系谱》相比，本作中武器相克表现得并不明显，甚至可以忽略不计。

武器等级

武器分为不同的等级，从低到高有五级，用E、D、C、B、A表示。一般情况下武器等级越高，威力越强。角色使用武器就能提高所使用武器类型的熟练度，熟练度积累到一定程度可以提高该类型武器等级，这样角色就可以使用等级更高的该类武器。专属武器无等级限制（武器等级显示为星号），但是只有特定的角色才能使用。