海上
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在无忌号中闲逛一圈，发现船已经出海，无奈中……决定先找到父亲再说。
从无忌号甲板上下来，到甲板仓发现底下的货舱有古怪，下去后发现父亲杨遂被关在一个箱子里，救出他后和闻讯前来的水苏战斗！胜利后，在水苏的身上找到"避水桑"。此时海盗攻船，为首的是一个美艳女子--海狼。来到船尾，发现无忌号已经被海盗占领，击败三拨海盗之后寡不敌众，杨别父子被海狼强逼入伙。二人被带到海盗船海狼号上，和一个海盗对完话后，来到自己的房间--沿甲板下去，右转第一间房间。三个月后，杨别父子已经渐渐熟悉了"海盗"的生活，杨别为了替父亲解毒用心研习《千金方》，发现少了一味药物"开心果"，在海盗船上四处寻觅，在海盗路飞处(船舱左转第一间房)击败他得到药品"开心果"。
第二天，杨别来到海狼号仓库，治好了因生怪病而被当作海神祭品的海盗小呆。二人来到甲板，恰逢风暴，众海盗认为是杨别是杨别触怒海神，于是将杨别父子二人扔下大海…………
扶桑
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在海滩被一异服少女救起，得知自己居然被洋流带到了大唐的邻国－扶桑大惊失色之下，发现父亲也不知所踪，只得和少女－－丽子一起前往她在扶桑大城平城京的家。路经村庄伊歧村，和丽子一起击败前来打劫的强盗数人。来到平城京，丽子带杨别回到自己家中（进平城京左转第一间屋）。杨别发现丽子父亲是扶桑贵族，平城京的左将军加藤。
加藤将军不愿意收留杨别，杨别言谈中和侍卫长--三上真弓发生冲突，加藤提议二人比试。此战必败！！！但是必须支持3个回合！！危急中，平城京的医师－－味一法师出现，化解了矛盾并收留了杨别。这样，杨别就在味一法师家中（取访神社，在平城京的上方），博览群书，度过了一段时光……
一天清晨，已经是杨别好友的丽子前来找他。二人发现味一法师正在为炼丹一事烦恼，杨别决定帮助他。在杨别帮助下，味一居然炼出了奇异的妖灵－－火之金石妖。生性顽劣的火妖捣乱后逃离。众人百思不得其解，决定去药方的提供者－－辉夜寻求答案。辉夜居住在平城京中，但辉夜居四面被平城京四大公子派遣的扶桑卫士把守着，都不允许杨别等人入内。
到平城京左大街辉夜居的入口处，遇见了四公子之一的－－橘一树。杨别说明来意后进入辉夜居，发现辉夜居然是安史之乱中流落到扶桑的杨玉环！！谈论一番后，杨别丽子决定先回取访神社。回到取访神社后，味一要去晋见天皇，于是三人又回到平城京。皇宫就在平城京的西北方，来到皇宫门口，从卫兵口中得知天皇和朝中阴阳师－－博雅，在雅园下棋。几人来到城东北的雅园，刚要入内时，被博雅召唤出的式神挡住。随后味一和博雅发生争执，味一生气离开。
离开雅园后，杨别丽子被平城京四公子中的源一信和平渡拦住，他二人为嫉恨杨别居然可以进入辉夜居而向杨丽二人大打出手，恰逢橘一树前来解围。忽然辉夜的侍女来报，辉夜被人挟持，橘一树众人急忙前往辉夜居。发现辉夜的侍女积子因为恋慕橘一树，而不惜想毁去橘的最爱辉夜。击晕积子后，发现其实是积子的怨念吸引了先前炼出的金石妖而受到了金石妖的控制！一番大战后，杨别收服了金石妖。回到辉夜居，发现辉夜已经醒来。一番对话后发现，其实辉夜早已万念俱灰，唯一的愿望是为唐明皇炼成来自天河，可以使人长生不老的秘药。为了让辉夜可以摆脱其余三公子的控制，杨别决定替辉夜找寻炼药的五种药材，为了可以挽回辉夜逐渐死去的心，橘一树也毅然加入了杨别的队伍。
第二日，杨别在取访神社醒来，和橘一树一起出发。
临行之前，杨别想先去和丽子告别。来到平城京丽子家中，却被三上拦住，得知丽子已被其父软禁。郁郁之下，出门，却发现偷溜出来的丽子，欣喜！
三人一行，来到了平城京外右上方的奈良大佛。在大佛脚下发现了闻讯跟踪而来的四公子之一的藤盏。搬动大佛左肩处的开关，使大佛胸口的卍字符号陷落。到大佛的佛手处发现手臂上的五处符号有古怪，将从上到下第一和第三处机关按下，使佛手呈拈花之态。发现佛手右肩上处有一暗阁，调查后得到五样药物之一--"蓬莱枝"。从大佛上下来，被闻讯前来的佛像守护者慧晟法师拦住，在藤盏的挑唆下向杨别众人出手。击败他后，杨别和丽子点醒了他，而藤盏落荒而逃。从慧晟法师口中得知，另一种药品可能在奈良大佛下方不远处的那智瀑布。出了奈良大佛。众人来到大佛下方不远处的那智瀑布。一路沿山路走到瀑布的顶端，杨别不慎被躲在一旁的藤盏推落下水。众人吃惊……
由于曾经在海盗船上服食了可以在水底自由呼吸的药物"避水桑"，杨别安然无恙。气愤之余迅速赶到瀑布顶端，和藤盏战斗。击败他他他他他他！！！！！！得到药物--水灵。从藤盏口中得知剩下的药物可能在熊野村。去熊野必须走海路，三人决定先回平城京。来到平城京后，三人四处寻访可以开船出海的水手。在平城京南城上方一民居内找到了海老人，询问出海的方法。由于自幼晕船，橘一树不得不留在平城京中。拿着海老人的信物，出平城京来到了地图东北方向的那霸港。凭着海老人的信物，在那霸港码头小屋找到了渔网爷爷启石。
出海，来到熊野村。在熊野村村长家无意中遇见了为天皇寻找药物的博雅。三人通宵饮酒，互相引为知己，杨别对博雅的印象大为改观。
第二天，二人来到熊野村外左上方，靠近海边的那个山洞。在山洞的底部，碰上了一只凶猛的野熊。杨别为了掩护丽子一人挡在前面，让丽子退到山洞内室。 战斗！！此战必败，但必须坚持一定回合。危急之际，博雅前来解围，一镖射死了老熊。而不知内情的丽子却以为是杨别做的，大为感动，扑入杨别怀中，恰被博雅看见，后者黯然离开。在老熊尸体附近搜索，找到药物"薇木"。 回到熊野村，得知博雅已经先行离开并且留下药物"火狐"。五种药物已经凑齐四样，二人决定先回平城京。
一路风尘后，二人回到平城京，丽子先行回家，而杨别却在辉夜居外发现了痴情的橘一树。 二人进入辉夜居，得知剩下的一种药品正在辉夜处，杨别答应为辉夜炼出可以长生不老的灵药。 回到取访神社，碰见丽子，答应丽子第二天去参加在雅园的茶道会。 第二天，杨别决定向橘一树要请贴，临行之前在炼丹房，炼好辉夜要的药物。 去辉夜居，辉夜要杨别将药物带给唐明皇，杨别应允。 去橘一树家，要来请贴。 去雅园，未见丽子，丽子其时正在和博雅在雅园欣赏风景。博雅向丽子表白爱意遭拒，丽子坦白对杨别的爱情。 雅园内室，杨别被扶桑贵族子弟羞辱，丽子前来解围，并在众人面前表达对杨别的爱意。 得知此事的加藤将军大为恼火，强令杨别离开扶桑，无奈之下杨别应允。
当晚，杨别和丽子在樱花林互诉衷情。
第二日，杨别和味一法师登上了前往大唐的商船。而丽子也只能在伤心和无奈中目送杨别的离开……